Conception d'un modèle Web sémantique appliqué à la génomique fonctionnelle

Fleur Mougin

Université de Rennes 1 - EA 3888

03/05/2007 à 10h00

Salle A104, INRIA Rhône-Alpes, Montbonnot Saint-Martin

Abstract

Cet exposé s'inscrit dans la problématique du Web sémantique et plus précisément l'utilisation de ses technologies dans le domaine de la génomique fonctionnelle. Au cours de leurs travaux de recherche, les biologistes et médecins doivent disposer de données concernant l'existant et ces informations sont généralement accessibles sur Internet. Le problème est qu'elles sont réparties dans des sources distribuées,autonomes et hétérogènes à de multiples niveaux. C'est dans ce cadre que nous proposons le développement d'un système d'intégration basée médiateur. Celui-ci vise à offrir aux biologistes et médecins une interface unique permettant d'accéder aux différentes sources de manière centralisée et homogène. Des systèmes suivant cette approche existent dans la littérature mais présentent des limites en terme de conception et d'évolution. En effet, de nombreuses tâches restent manuelles, ce qui les rend particulièrement fastidieuses. Pour répondre à ces limites, nous avons conçu un système médiateur au moyen de méthodes semi-automatiques. Tout d'abord, nous avons développé une méthode d'acquisition automatique des schémas des sources de données à intégrer. Ensuite, nous avons utilisé une ressource terminologique existante, l'UMLS, afin de définir un schéma global. Enfin, nous avons proposé différentes approches pour mettre en correspondance les éléments des schémas locaux avec ceux du schéma global. Celles-ci sont situées aux niveaux schéma et instances et sont automatiques, avec une possible validation manuelle par des experts. Le système implémenté à partir de ces méthodes est opérationnel et accessible sur Internet et permet de traiter des requêtes simples qui impliquent plusieurs sources de données. Le processus de requêtes effectue une expansion de celles-ci en exploitant la hiérarchie des concepts identifiés comme pertinents, et rend finalement aux utilisateurs les valeurs des éléments des sources associés à ces concepts. La maintenance du système est facilitée par les méthodes développées pour sa conception, permettant ainsi de la gérer de manière semi-automatique.